Startup pod kontrolą fiskusa: co musisz wiedzieć zanim zapukają?

Raport MDDP i Konfederacji Lewiatan „Przedsiębiorcy pod lupą fiskusa 2025” nie pozostawia złudzeń: kontrole podatkowe w Polsce są coraz częstsze, coraz dłuższe i niemal zawsze kończą się wykryciem nieprawidłowości. Dla startupów, MŚP i dynamicznych firm to nie tylko statystyka — to realne ryzyko, które wymaga świadomego przygotowania.
INACO przedstawia praktyczny przewodnik, który pomoże przejść przez kontrolę skarbową bez stresu — z uporządkowaną dokumentacją, przemyślaną strategią i profesjonalnym wsparciem.
Co pokazuje raport?
- W latach 2019–2024 przeprowadzono ponad 117 500 kontroli podatkowych, z czego 38% stanowiły kontrole celno-skarbowe (wzrost z 12% w 2019 r.)
- Średnio każdego dnia otwierano 77 nowych postępowań
- Najczęściej kontrolowanym podatkiem jest VAT, który odpowiada za ponad 80% wykrytych nieprawidłowości
Dane, które budzą niepokój:
- 94–98% kontroli kończy się wykryciem błędów
- Kontrole celno-skarbowe trwają średnio 332 dni, podatkowe — 113 dni
- Tylko 1 na 10 firm była wcześniej informowana o kontroli
Kto znajduje się w grupie ryzyka?
- Małe i średnie firmy z dużą dynamiką finansową
- Startupy technologiczne korzystające z ulg (IP Box, B+R)
- Firmy ubiegające się o znaczne zwroty VAT
- Podmioty realizujące transakcje międzynarodowe
- Przedsiębiorstwa z branż wysokiego ryzyka: e-commerce, transport, budownictwo
Typowanie odbywa się często automatycznie — na podstawie danych z JPK, CRBR czy KSeF.
Jak wygląda kontrola?
- Czynności sprawdzające — weryfikacja deklaracji i rozliczeń, często bez wizyty w firmie
- Kontrola podatkowa — formalne działania, obowiązek udostępnienia dokumentów, sporządzenie protokołu
- Kontrola celno-skarbowa — najbardziej dotkliwa forma, bez zapowiedzi, z możliwością zabezpieczenia majątku
Po kontroli możesz otrzymać:
- protokół z ustaleniami
- decyzję określającą zaległość
- wezwanie do zapłaty lub korekty deklaracji
- w skrajnych przypadkach — blokadę konta, decyzję zabezpieczającą lub zawiadomienie do prokuratury
✅ Jak się przygotować? 5 kroków od INACO
- Sprawdź kompletność dokumentacji — faktury, umowy, raporty JPK i ewidencje VAT powinny być spójne i zgodne z deklaracjami
- Przeanalizuj ryzyko VAT — zwróć szczególną uwagę na transakcje wewnątrzwspólnotowe i eksportowe
- Przygotuj dokumentację dotyczącą ulg IP Box i B+R — dowody prac badawczo-rozwojowych, prawa IP, zasadność korzystania z preferencji
- Zbadaj relacje z kontrahentami — unikaj podmiotów „wątpliwych”, zbieraj potwierdzenia wykonania usług
- Zadbaj o profesjonalną reprezentację — doradca podatkowy to nie koszt, lecz inwestycja w bezpieczeństwo Twojej firmy
✅ Jak się przygotować? 5 kroków od INACO
- Sprawdź dokumentację Upewnij się, że faktury, umowy, raporty JPK i ewidencje VAT są kompletne i zgodne z deklaracjami.
- Przeanalizuj ryzyko VAT To najczęściej kontrolowany podatek. Zwróć uwagę na transakcje wewnątrzwspólnotowe i eksportowe.
- Przygotuj się na pytania o ulgi IP Box i B+R Zbierz dokumentację potwierdzającą prace badawczo-rozwojowe, prawa IP, zasadność korzystania z ulg.
- Przejrzyj relacje z kontrahentami Fiskus może kwestionować rozliczenia z podmiotami „wątpliwymi”. Zbieraj dowody wykonania usług, analizuj ryzyko współpracy.
- Zadbaj o reprezentację Nie działaj sam. Doradca podatkowy to nie koszt — to inwestycja w bezpieczeństwo. W razie kontroli pomoże chronić Twoje interesy i komunikować się z urzędnikami.
📌 INACO wspiera founderów, startupy i firmy w przygotowaniu do kontroli — zanim ona się zacznie. Bo lepiej działać z wyprzedzeniem niż reagować w stresie.
Chcesz sprawdzić, czy Twoja firma jest gotowa? Skontaktuj się z nami — przeprowadzimy audyt, przygotujemy dokumenty i zadbamy o Twój spokój.
Źródło: Mamstartup