Startup pod kontrolą fiskusa: co musisz wiedzieć zanim zapukają?

Raport MDDP i Konfederacji Lewiatan „Przedsiębiorcy pod lupą fiskusa 2025” nie pozostawia złudzeń: kontrole podatkowe w Polsce są coraz częstsze, coraz dłuższe i niemal zawsze kończą się wykryciem nieprawidłowości. Dla startupów, MŚP i dynamicznych firm to nie tylko statystyka — to realne ryzyko, które wymaga świadomego przygotowania.

INACO przedstawia praktyczny przewodnik, który pomoże przejść przez kontrolę skarbową bez stresu — z uporządkowaną dokumentacją, przemyślaną strategią i profesjonalnym wsparciem.

Co pokazuje raport?

  • W latach 2019–2024 przeprowadzono ponad 117 500 kontroli podatkowych, z czego 38% stanowiły kontrole celno-skarbowe (wzrost z 12% w 2019 r.)
  • Średnio każdego dnia otwierano 77 nowych postępowań
  • Najczęściej kontrolowanym podatkiem jest VAT, który odpowiada za ponad 80% wykrytych nieprawidłowości

Dane, które budzą niepokój:

  • 94–98% kontroli kończy się wykryciem błędów
  • Kontrole celno-skarbowe trwają średnio 332 dni, podatkowe — 113 dni
  • Tylko 1 na 10 firm była wcześniej informowana o kontroli

Kto znajduje się w grupie ryzyka?

  • Małe i średnie firmy z dużą dynamiką finansową
  • Startupy technologiczne korzystające z ulg (IP Box, B+R)
  • Firmy ubiegające się o znaczne zwroty VAT
  • Podmioty realizujące transakcje międzynarodowe
  • Przedsiębiorstwa z branż wysokiego ryzyka: e-commerce, transport, budownictwo

Typowanie odbywa się często automatycznie — na podstawie danych z JPK, CRBR czy KSeF.

Jak wygląda kontrola?

  • Czynności sprawdzające — weryfikacja deklaracji i rozliczeń, często bez wizyty w firmie
  • Kontrola podatkowa — formalne działania, obowiązek udostępnienia dokumentów, sporządzenie protokołu
  • Kontrola celno-skarbowa — najbardziej dotkliwa forma, bez zapowiedzi, z możliwością zabezpieczenia majątku

Po kontroli możesz otrzymać:

  • protokół z ustaleniami
  • decyzję określającą zaległość
  • wezwanie do zapłaty lub korekty deklaracji
  • w skrajnych przypadkach — blokadę konta, decyzję zabezpieczającą lub zawiadomienie do prokuratury

Jak się przygotować? 5 kroków od INACO

  1. Sprawdź kompletność dokumentacji — faktury, umowy, raporty JPK i ewidencje VAT powinny być spójne i zgodne z deklaracjami
  2. Przeanalizuj ryzyko VAT — zwróć szczególną uwagę na transakcje wewnątrzwspólnotowe i eksportowe
  3. Przygotuj dokumentację dotyczącą ulg IP Box i B+R — dowody prac badawczo-rozwojowych, prawa IP, zasadność korzystania z preferencji
  4. Zbadaj relacje z kontrahentami — unikaj podmiotów „wątpliwych”, zbieraj potwierdzenia wykonania usług
  5. Zadbaj o profesjonalną reprezentację — doradca podatkowy to nie koszt, lecz inwestycja w bezpieczeństwo Twojej firmy

Jak się przygotować? 5 kroków od INACO

  1. Sprawdź dokumentację Upewnij się, że faktury, umowy, raporty JPK i ewidencje VAT są kompletne i zgodne z deklaracjami.
  2. Przeanalizuj ryzyko VAT To najczęściej kontrolowany podatek. Zwróć uwagę na transakcje wewnątrzwspólnotowe i eksportowe.
  3. Przygotuj się na pytania o ulgi IP Box i B+R Zbierz dokumentację potwierdzającą prace badawczo-rozwojowe, prawa IP, zasadność korzystania z ulg.
  4. Przejrzyj relacje z kontrahentami Fiskus może kwestionować rozliczenia z podmiotami „wątpliwymi”. Zbieraj dowody wykonania usług, analizuj ryzyko współpracy.
  5. Zadbaj o reprezentację Nie działaj sam. Doradca podatkowy to nie koszt — to inwestycja w bezpieczeństwo. W razie kontroli pomoże chronić Twoje interesy i komunikować się z urzędnikami.

📌 INACO wspiera founderów, startupy i firmy w przygotowaniu do kontroli — zanim ona się zacznie. Bo lepiej działać z wyprzedzeniem niż reagować w stresie.

Chcesz sprawdzić, czy Twoja firma jest gotowa? Skontaktuj się z nami — przeprowadzimy audyt, przygotujemy dokumenty i zadbamy o Twój spokój.

Źródło: Mamstartup